在《醫生菌》書中專章討論幽門螺旋桿菌的屬性，學者確立幽門桿菌是人體胃部正常的寄生菌，對於幽菌的評價突然從壞變成好，可是不管其本質，現階段是壞菌就是壞菌。到底探討本質比較有意義，還是直接鎖定已經存在的事實，探討養生是相同邏輯，是知道生病的源頭比較有意義，還是直接鎖定已經存在的病症。

好的東西是怎麼變壞的，好人是怎麼變成壞人的，共同的解答是環境，是環境不利於生存才必須去搶奪，幽門桿菌的劇本的確是如此。殺掉幽門桿菌是上策，還是改變消化道環境，是把壞人一律關起來，還是創造一個讓他們改過自新的環境。幽門桿菌的變異和人類的飲食革新有關，精緻熟食再一次回到檯面上，人類近百年的飲食進展有不少值得檢討的地方。

我們把幽菌變壞了，同時也把脂肪搞壞了，這兩件也許不是太相關的事，卻存在不少的共同交集。食物精緻化真的這麼罪大惡極嗎？脂肪和細菌的兩大主題可以提供不少思考方向，原本都是維繫身體健康的重要樑柱，卻在飲食不斷質變和量變的驅使下變成對身體不再良善的因子。腸道菌相就是檢視飲食的最佳標的物，很容易留置腸道而造成腐敗的食物多了，腐敗菌的繁殖就多了，我們把腸道環境搞壞，同時腸道細菌也變壞了。

脂肪的劇本一致，原始是立意良善的備糧單位，成為內分泌系統的重要一員，因為提供燃料必須藉由內分泌激素來傳令。就在我們把腸道菌相搞壞的同時，脂肪細胞也被我們放大，脂肪組織逐漸成為發炎的重鎮，因為囤積過多的脂肪，脂肪組織必須回報風險，聯絡免疫細胞過去消弭亂源。注意到了嗎？飲食內容的改變改造了腸道菌相，飲食量和頻率的增加改造了脂肪的狀態，一切都歸咎於多吃，一切都是我們在料理的內容遠離了食物的原貌。

最有趣的結論在最近期的定調，關於腸道微生物群和脂肪組織，學者一致主張應該提升這兩個單位的層級，它們在功能和重要性方面完全不遜於身體任何其他器官，它們就是身體的兩個器官。或許，這些資訊無關於我們養生的動機和行為，可是從本質的角度，身為人的立場，我們是有必要清楚身體裡面的真相，或許當我們看待細菌和脂肪的觀點不一樣了，局面就不同了。